No Template Control (NTC)
یکی از آلودگی‌های شایع در آزمایشگاه‌های مولکولی، آلودگی با نمونه DNA است. چنانچه این آلودگی در روند آماده سازی مواد برای واکنش Real Time PCR رخ دهد، نتایج حاصل قابل قبول نخواهد بود. لذا در هر Run از Real Time PCR برای اثبات عدم وجود آلودگی با DNA، به ازای هر مخلوط واکنش حداقل یک well بدون نمونه (Template) در نظر گرفته می‌شود. در این واکنش تمامی ترکیبات موجود در واکنش به جز نمونه وجود دارد. اگر NTC هیچ محصولی نداشته باشد، به معنی عاری بودن مخلوط واکنش از آلودگی با DNA است.
Positive Control
از نمونه کنترل مثبت در شرایط مطالعه بر روی یک توالی جدید و یا سنجش درستی طراحی و عملکرد مناسب پرایمر و یا پرایمر پروب استفاده می‌شود.
کنترل مثبت می‌تواند یک نمونه استاندارد شامل یک توالی نوکلئیک اسیدی با میزان (Copy number) مشخص باشد. با استفاده از این نوع کنترل مثبت می‌توان داده‌های کمی دقیقی به دست آورد. همچنین می‌توان از یک نمونه که ژن مورد نظر در آن بیان دارد به عنوان کنترل مثبت استفاده کرد.
Internal Control
در انجام یک واکنش PCR یا Real Time PCR، عوامل متعددی می‌توانند منجر به شکست یا حصول نتیجه نادرست شوند. یکی از مهم‌ترین و عملی‌ترین رویکردها برای کنترل این شرایط، استفاده از یک کنترل مثبت داخلی یا کنترل داخلی در طول واکنش است. کنترل داخلی یا به صورت همزمان با توالی مورد نظر جهت بررسی استخراج شده و تکثیر و بررسی می‌شود و یا به نمونه افزوده شده سپس طی واکنش PCR همزمان با توالی مورد نظر تکثیر می‌شود. در صورتیکه کنترل داخلی دارای سیگنال بوده و توالی مورد بررسی سیگنالی نشان ندهد، می‌توان نتیجه گرفت که عدم حصول نتیجه به دلیل مهار واکنش PCR نبوده و تأیید می‌کند که یک نتیجه منفی واقعاً منفی است.
