در فرآیند PCR معمولی، محصولات PCR از طریق الکتروفورز روی ژل تجزیه و تحلیل می‌شوند که معمولاً فرآیندی زمان‌بر است. اما در تکنیک Real time PCR تجزیه و تحلیل بیان ژن یا محصولات در همان مراحل تکثیر، صورت می‌گیرد و دیگر نیازی به Run کردن نمونه‌ها روی ژل آگارز وجود ندارد. به این منظور میزان نوکلئیک اسید مورد نظر با استفاده از رنگ فلورسنت خاص یا استفاده از الیگونوکلئوتیدهای دارای مارکر فلورسنت کمی شده و به صورت اعداد قابل دست‌یابی است. در این روش‌ها دوربینی برای تشخیص فلورسانس و کامپیوتر و نرم افزار برای پردازش داده‌ها همزمان با PCR مورد نیاز است. بسته به منبع تحریک موجود و فیلترهای تشخیصی، ممکن است از انواع رنگ‌های فلورسنت در qPCR استفاده شود. در دو روش معمول استفاده از Real-time PCR، رنگ فلورسنت SYBR Green و پروب‌های TaqMan استفاده می‌شود. در Real time PCR امکان اندازه‌گیری محصول تکثیر شده و همچنین نشان دادن مقدار محصول به صورت کمی وجود دارد.
رنگ SYBR Green تنها به DNA دو رشته‌ای متصل می‌شود و در صورت اتصال، فلورسانس ساطع می‌کند. در طی چرخه تکثیر در Real Time PCR، با تولید بیشتر و افزایش میزان DNA دو رشته‌ای، سیگنال فلورسانس ساطع شده بیشتر می‌شود. در نتیجه میزان سیگنال فلورسانس با تعداد مولکول‌های DNA دو رشته‌ای در آن زمان ارتباط مستقیم دارد. از آنجاییکه SYBR Green می‌تواند به همه محصولات دو رشته‌ای تولید شده در واکنش متصل شود اگر محصولات غیر اختصاصی یا پرایمر دایمر تولید شود از اختصاصیت این روش کاسته می‌شود.
از آنجاییکه هر دو عمل تکثیر و تشخیص محصول همزمان انجام می‌شود، احتمال آلودگی نمونه‌ها (Cross contamination) کاهش می‌یابد.
